ストーリー

　マリオが経営する会社「マリオ・トイ・カンパニー」が発売したゼンマイのおもちゃ「ミニマリオ」が大ヒット！
　大もうけしたマリオは、おもちゃでいっぱいのテーマパーク「スーパーミニマリオワールド」を建設し、
　そのオープンパーティの日に多くのともだちを招待しました。
　パーティの途中で、マリオがともだちの「ポリーン」にミニマリオを紹介しようとすると、
　それに対抗意識を燃やしたのがマリオの会社で働いている「ドンキーコング」。
　彼もポリーンに、自分をモデルにしたおもちゃ「ミニDK」を差し出します。
　しかし、ポリーンはそれに気づかず、ミニマリオだけを手にとってしまいます。
　それを見たドンキーコングは「フラれた！」と勘違い。
　失意のドンキーコングは悔し紛れにポリーンをさらって、テーマパークの建物の屋上に閉じ込めてしまいます。
　そこでマリオは、自慢の商品「ミニマリオ」にポリーン救出の命令を出します。
　ミニマリオは、マリオの指示に忠実に動きます。
　こうしてミニマリオたちによる、ポリーンの救出作戦が始まります。